> Data[Data!="blue"]
[1] "green" "yellow" "black" "green"
или
> Data[which(Data!="blue",TRUE)]
[1] "green" "yellow" "black" "green"
Изменить, чтобы ответить на комментарий Джорис (это работает для 1-столбцов data.frames):
> str(Data)
'data.frame': 7 obs. of 1 variable:
$ V1: Factor w/ 4 levels "black","blue",..: 2 3 2 4 1 2 3