Возможно, есть и лучший способ, но вы можете убедить OSX внести изменения, сначала переименовав его во что-то без расширения (myProject.xcodeproj становится myProject), затем переименовав снова, добавив расширение обратно (myProject становится myProject.xcodeproj).
Я только что попробовал, и, кажется, работает нормально.