Вы не можете изменить файл во время его чтения, поэтому вам нужно будет вывести записи, которые вы хотите сохранить, в новый файл (или стандартный вывод) и пропустить записи, которые вы не делаете. Затем полученный файл может быть обработан только с сохраненными строками.