Я настроил ant-скрипт, чтобы при сборке приложения я мог изменить имя пакета для R.java.Я переопределил цель -code-gen и изменил атрибут projectLibrariesPackageName, когда -code-gen выполняет aapt.(одна альтернатива - изменить сборку build.xml, которую использует eclipse, думаю, ее можно найти в /tools/ant/build.xml)
<!-- Code Generation: compile resources (aapt -> R.java), aidl, renderscript -->
<target name="-code-gen">
<do-only-if-manifest-hasCode
elseText="hasCode = false. Skipping aidl/renderscript/R.java">
<echo>...........</echo>
<echo>Handling aidl files...</echo>
<aidl executable="${aidl}" framework="${android.aidl}"
genFolder="${gen.absolute.dir}">
<source path="${source.absolute.dir}"/>
</aidl>
<!-- renderscript generates resources so it must be called before aapt -->
<echo>...........</echo>
<echo>Handling RenderScript files...</echo>
<renderscript executable="${renderscript}"
framework="${android.rs}"
genFolder="${gen.absolute.dir}"
resFolder="${resource.absolute.dir}/raw"
targetApi="${target.api}">
<source path="${source.absolute.dir}"/>
</renderscript>
<echo>...........</echo>
<echo>Handling Resources...</echo>
<aapt executable="${aapt}"
command="package"
verbose="${verbose}"
manifest="AndroidManifest.xml"
androidjar="${android.jar}"
rfolder="${gen.absolute.dir}"
nonConstantId="${android.library}"
projectLibrariesResName="project.libraries.res"
projectLibrariesPackageName="package.internal"> <!-- Put custom package name here -->
<res path="${resource.absolute.dir}" />
</aapt>
</do-only-if-manifest-hasCode>
</target>