В идеале вы должны иметь их в отдельных репозиториях, как указал Кайл, при желании, используя подпозитории.
Однако, с вашей настройкой как-то вроде этого может быть все, что вам нужно:
или, если вам нужно сначала передать его:
hg archive -X designDocs --type zip /path/to/newDeploymentArchive.zip