Решение.
В JAXB, реализующем ValidationEventHandler, вот так:
class CustomValidationEventHandler implements ValidationEventHandler{
public boolean handleEvent(ValidationEvent evt) {
System.out.println("Event Info: "+evt);
if(evt.getMessage().contains("Unexpected element"))
return true;
return false;
}
}
Тогда
Unmarshaller u = ...;
u.setEventHandler(new CustomValidationEventHandler());
u.unmarshal(new StringReader(xml));