Вероятно, это происходит потому, что Flex не может рассчитать размер динамически нарисованной кнопки, а версия MXML позволяет рассчитать размер до отображения. Возможно, вам придется переопределить метод меры, чтобы рассчитать ширину / высоту. Если это не проблема, тогда опубликуйте некоторый код, чтобы мы могли взглянуть поближе. Надеюсь, это поможет.