Оба будут работать, и, возможно, ОБНОВЛЕНИЕ легче написать.
MERGE нацелен на более сложные случаи, например, если вы хотите обновить некоторые записи, удалить другие, а также вставить некоторые записи в таблицу назначения, не соблюдая некоторые условия исходной и целевой таблицы.
ОБНОВЛЕНИЕ будет следующим:
update db1.dbo.table1 set col =
(select col
from db1_bk.dbo.table1
where db1.dbo.table1.id = db1_bk.dbo.table1.id)
или
update db1.dbo.table1 set db1.dbo.table1.col = db1_bk.dbo.table1.col
from db1.dbo.table1
join db1_bk.dbo.table1 on db1.dbo.table1.id = db1_bk.dbo.table1.id