Вместо использования пользовательских целей вы можете создать собственный профиль.
В свойствах проекта перейдите на панель Конфигурации , добавьте новый, выберите его, затем нажмите Активируйте .
На панели Выполните выберите свою пользовательскую конфигурацию.
Затем на панели Действия выберите свою пользовательскую конфигурацию и добавьте / отредактируйтецели, которые вам нужны.
Нельзя удалить уже существующие цели, но вы можете удалить содержимое в «Выполнить цели», и они ничего не будут делать.
Затем, когда вы нажметепри нажатии кнопки Run цели, которые вы поставили, будут выполнены.
PS: в Netbeans есть консоль (Window-> Output-> Terminal), но в 6.9 она все еще является экспериментальной (и довольно непривлекательной),7.1.1 работает хорошо.