Я вышел с ответом и хотел поделиться им на случай, если кто-нибудь еще столкнется с этим.Чтобы решить эту проблему, я воспользовался тем, что я делаю с QT & QT Creator при сетевом программировании.
В OSX я открыл окно терминала и перешел в / Applications / IntelliJ IDEA 9.0.3.app/Contents/MacOS.Там вы найдете файл с именем idea, который запускает IDE.Я управлял этим как sudo (sudo ./idea).Это заботилось о разрешениях для всего, что запускал Intellij, и я мог отлаживать и просматривать свой код по мере необходимости.
sudo /Applications/IntelliJ IDEA 9.0.3.app/Contents/MacOS/idea
Поскольку это машина разработчика, и я управляю ею, безопасность в данном случае не является проблемой.
Надеюсь, это поможет кому-то другому.