Неясно, что вы на самом деле пытаетесь сделать, и нам не легче понять неверный синтаксис, чем для SQL-сервера.
Предложение HAVING позволит вам отфильтровать результаты по количеству:
SELECT COUNT(*)
FROM table
WHERE col1 = 3
HAVING COUNT(*) > 2
Но, читая между строк, кажется, пытается удалить дубликаты из таблицы, чтоделать с:
DELETE FROM table
WHERE (id, col1) NOT IN
(SELECT
id,
MAX(col1)
FROM table
GROUP BY id
);