Стабильность вряд ли будет затронута, поскольку абстракция находится на очень низком уровне, и ОС просто видит его как еще один ЦП, с которым можно работать. Однако производительность - это другое дело.
Честно говоря, я не могу сказать, так ли это до сих пор, но, по крайней мере, когда впервые появились процессоры с поддержкой HT, были известные проблемы, по крайней мере, с некоторыми приложениями. Например, MySQL и многопоточные приложения, такие как Java-приложение, которое я поддерживаю для своей повседневной работы, как известно, снижали производительность при включении HT. Мы всегда рекомендовали удалить его, по крайней мере, для нашего конкретного случая использования корпоративного приложения на стороне сервера.
Вполне возможно, что это больше не проблема, и в среде рабочего стола это менее вероятно, будет проблемой для большинства случаев использования. Способность распределять работу на процессоре обычно приводит к более отзывчивым приложениям, когда процессор сильно загружен. Однако переключение контекста и издержки могут быть вредны, когда приложение уже сильно загружено и требует много ресурсов процессора, как, например, в случае сервера базы данных.