Что вы подразумеваете под проблемой ? Последняя версия Apache Tomcat (v7.0) кажется хорошим выбором для вашей разработки, по крайней мере, если вы используете Java 1.6. Если вы используете Java 1.5, перейдите на Tomcat v6. Если вы используете более старую версию Java, вы можете рассмотреть возможность использования Tomcat 5.5.
Это какая версия? страница может быть полезна для вас, чтобы выбрать подходящую версию Tomcat, относительно используемой вами версии JSP и Java ...