Добавьте следующее в конец файла вашего проекта сразу после закомментированного раздела целей:
<Target Name="BeforeResolveReferences">
<CreateProperty Value="YOUR_FIRST_PATH;YOUR_SECOND_PATH;$(AssemblySearchPaths)">
<Output TaskParameter="Value" PropertyName="AssemblySearchPaths" />
</CreateProperty>
</Target>
Замена YOUR_FIRST_PATH
и YOUR_SECOND_PATH
вашими путями.
Важно, что это идет после следующей строки, иначе ваши настройки будут перезаписаны:
<Import Project="$(MSBuildToolsPath)\Microsoft.CSharp.targets" />
С записью $(AssemblySearchPaths)
в конце строки DLL в ваших путях переопределит нормальное разрешение. Если вы переместите его в начало, то сначала пробуется нормальное разрешение, и дополнительные пути проверяются на наличие тех, которые не были найдены. Нормальное разрешение включает в себя <HintPath>
разделов, поэтому нет необходимости удалять их, если ваши пути идут первыми.