В sbt 0.13.5 я нашел способ изменить целевую папку, просто переназначив цель в файле build.sbt:
target: = file ("someotherParent") / "someotherSubdir"
Это только изменяет каталог для встроенных классов и артефактов, однако файл .history всегда находится в корневом каталоге проекта.
К сожалению, некоторые другие плагины (xsbt-web-plugin)похоже, с этим проблемы - запуск веб-приложения через консоль SBT приводил к странным ошибкам, когда я вернулся к стандартной структуре каталогов, эти проблемы исчезли.