Вы не правильно сформировали свой запрос ...
update db1.dbo.table1
set db1.dbo.table1.col = db1_bk.dbo.table1.col
From db1.dbo.table1, db1_bk.dbo.table1
where db1.dbo.table1.id = db1_bk.dbo.table1.id
Но я бы присоединился явно ... не более эффективно, но более четко ИМХО:
update tbl1
set tbl1.col = bk.col
From db1.dbo.table1 tbl1
inner join db1_bk.dbo.table1 bk
on tbl1.id = bk.id