Вместо предложенных выше предложений ( edit : я заметил, что Барт также оставил эту идею в комментарии), я бы предложил сделать ваш класс более модульным для тестирования, сделав класс принимающим входной источник какпараметр конструктора или аналогичный (внедрить зависимость).В любом случае класс не должен быть так связан с System.in.
Если ваш класс создан из Reader, вы можете просто сделать это: