Взгляните на выпуск 27 в списке проблем Google Code . Используйте JavascriptExecutor, чтобы переопределить предупреждение браузера:
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.alert = function(msg){};");
Это аналогичное решение для обработки диалогов подтверждения.
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.confirm = function(msg){return true;};");
Это довольно популярный запрос, поэтому, надеюсь, он скоро будет реализован. Недостатком этих подходов является то, что проверить текст в сообщении нелегко. Вы можете уйти в Selenium, чтобы сделать это.