Есть некоторые аргументы, которые необходимо передать в SWF-файл, чтобы достичь этого. В представлении HTML внутри тега объекта вы должны поместить:
<param name="wmode" value="transparent">
и ...
<embed wmode="transparent" ...
Аналогичное значение должно применяться, если вы используете библиотеку JS для визуализации объекта SWF.