Вы можете использовать onAnimation для динамического обновления пути.Вот грубый путь
window.onload = function () {
var r = Raphael(0, 0, 500, 600);
var p = r.path("M100,100c0,50 100-50 100,0c0,50 -100-50 -100").attr({stroke: "none"});
var p2 = r.path("M104 100");
var e = r.ellipse(104, 100, 4, 4).attr({stroke: "none", fill: "#f00"});
e.attr({rx: 5, ry: 5}).animateAlong(p, 5000, true).onAnimation(function() {
p2.attr("path", p2.attr("path").concat([["L", e.attr("cx"), e.attr("cy")]]));
});
}