JAR-файлы - это библиотеки, и это означает - объектно-ориентированный мышление:
Если на классы ссылаются другие JAR-файлы, включенные в вашу сборку, то они должны быть частью включенных JAR-файлов, а не частьюна вашем новом JAR.
Вот и вся идея библиотеки - если я правильно понимаю ваш вопрос.
Если ваш JAR использует эти внешние классы, то вам нужно включить файлы JAR этих классов вВаш проект.
Надеюсь, я вас правильно понял.