Вам известно, что Cygwin поставляется с MinGW-компилятором и встроенной библиотекой?Используя ключ -mno-cygwin, вы превращаете Cygwin gcc в MinGW gcc.То, как вы можете настроить ./configure, чтобы использовать это, мне не подходит, но я полагаю, что это будет зависеть от сценария ./configure.
Обычно я настраиваю сгенерированные Make-файлы, добавляя -mno-Переключатель cygwin на флаги компилятора и компоновщика.