Это полностью независимо от vim и pathogen, просто общий ответ о том, как можно использовать подмодули.
Если вы хотите изменить подмодуль проекта, вы должны сделать следующее:
заканчивается новым подтверждением, извлеченным в подмодуле (например, путем его фиксации)
добавить обновленный подмодуль в суперпроект и зафиксировать это
Итак, если вы хотите изменить один из своих подмодулей плагинов, отредактируйте их, затем, прежде чем делать что-либо вроде обновления подмодуля, передайте их в подмодуль, вернитесь в суперпроектдобавьте изменения в подмодуль и выполните коммит там.
Вы сделали комментарий о "отправке [ваших изменений] в github".Если вы хотите сделать это, вы должны быть уверены, что также внесете изменения в подмодуль;Суперпроект должен быть в состоянии получить необходимый коммит субмодуля для проверки!Конечно, это означает, что если вы используете плагины, написанные другими и не можете от них вернуться, вы захотите выбросить свою версию (если хотите) в github и использовать ее в качестве авторитетного источника.для вашего суперпроекта.
Если вам нужна дополнительная помощь в адаптации всего этого к вашей конкретной установке, оставьте мне комментарий, и я буду работать с вами.