Проверьте это:
[NSUserDefaults resetStandardUserDefaults]
Для получения дополнительной информации проверьте ссылку на класс NSUserDefaults .
Что вы можете сделать, это сохранить по умолчанию текущую версию вашего приложения. Все время, когда пользователь открывает приложение, вы проверяете сохраненную версию относительно текущей версии. В случае обновления текущая версия будет отличаться от сохраненной версии, и вы знаете, что пришло время очистить пользовательские настройки по умолчанию. После очистки вы сохраняете новое значение для текущей версии.