Да, из java-приложений можно создавать специфичные для ОС исполняемые файлы. По этой теме уже возникли некоторые вопросы, например, здесь: Вставить JRE в исполняемый файл Windows?
Java всегда компилируется в независимый от ОС байт-код, который может выполняться только на виртуальной машине Java, например, той, которая поставляется с JRE.
Только потому, что вы пометили свой вопрос как 'eclipse'и упомянул файл 'exe' ... на всякий случай, вы создали приложение RCP eclipse, а затем есть элегантный способ связать приложение со средой выполнения Java: просто создайте папку с именем 'jre' внутри каталога приложений (тот же уровень, что и у папки с плагинами и функциями) и скопируйте JRE в эту папку.На страницах экспорта eclipse может даже стоять флажок, чтобы связать приложение с JRE.