Чтобы ответить на вопрос «можно ли использовать файл javascript на странице HTML как элемент управления ASP.NET», ответ - нет. Вы должны учитывать, что HTML-страницы по своей природе статичны и не создают сами себя.
Можете ли вы использовать какой-либо метод для вставки фрагмента JavaScript в DOM после начала загрузки страницы? Ответ на это звучит оглушительно:
YES
Это зависит только от того, что вы хотите сделать. Можете ли вы дать больше информации, кроме этого? Можете ли вы дать нам представление о рабочем процессе, который вы намереваетесь? Я думаю, что вы довольно хорошо поняли это, за исключением слегка задом наперед в вашем посте. Страницы 1 и 2 будут иметь обычный HTML, а затем немного javascript для включения страницы прямо здесь, или что-то вроде jQuery для загрузки части из файла прямо там.