Они прекрасно работают вместе.
Единственное предостережение: убедитесь, что они оба используют одну и ту же версию subversion! Subversion обновляет свои каталоги и форматирует каталоги .svn при первом запуске ревизии с серьезными обновлениями. Это означает, что при обновлении вы должны быть осторожны, чтобы и subeclipse, и черепаха выпустили новые версии с соответствующими обновлениями subversion.
Поскольку я использовал оба, было два обновления, которые нарушают совместимость с базовыми каталогами .svn, так что будьте осторожны!