Ваш терминал хранит старый буфер, а не Vim.
Если вы используете эмуляцию XTerm, Vim при запуске переключается на «альтернативный» экран терминала. При выходе Vim возвращается к обычному экрану.
Строки Terminfo при запуске:
\E7 saves the cursor's position
\E[?47h switches to the alternate screen
Строки Terminfo на выходе:
\E[2J clears the screen (assumed to be the alternate screen)
\E[?47l switches back to the normal screen
\E8 restores the cursor's position.