Я написал небольшой пример для объединения двух прозрачных изображений в этой ссылке scitam.com
попробуйте этот код, он отлично работает.
$width = 200;
$height = 200;
$base_image = imagecreatefromjpeg("base.jpg");
$top_image = imagecreatefrompng("top.png");
$merged_image = "merged.png";
imagesavealpha($top_image, true);
imagealphablending($top_image, true);
imagecopy($base_image, $top_image, 0, 0, 0, 0, $width, $height);
imagepng($base_image, $merged_image);