Если да, то как это сделать?
В Netbeans 6.9 для PHP перейдите в Файл-> Свойства проекта. В «Категории» выберите «Запустить конфигурацию». Существует множество вариантов запуска всего проекта на удаленном сервере.
Полагаю, при создании проекта есть опция - Создать проект из файлов на удаленном сервере.