Сначала посмотрите, сколько данных в базе данных Монго. Из вашего объяснения кажется, что вы запускаете один и тот же кусок кода дважды. Итак, вы запускаете один и тот же кусок кода дважды, фактически вставляя другую запись, потому что во втором запуске foo ссылается на новый экземпляр.
Если вы хотите попробовать обновить запись, попробуйте это:
foo = Foo.new
foo._id = 100
foo.time = Time.now
puts foo.save
foo.time = Time.now
puts foo.save
В этом коде во второй раз foo ссылается на экземпляр, который был создан ранее.