Если у вас есть ERD (термин моделирования реляционной базы данных), то у вас не будет "gen spec", у вас будут реляционно моделируемые таблицы Supertype-Subtype. Если у вас есть «gen spec», то у вас нет реляционной базы данных, у вас есть система хранения, в которой вы сохраняете свои объекты. Итак, какой у вас есть?
Если у вас есть реляционная база данных, то, безусловно, используйте InnoDB. MyISAM не является «реляционным», поскольку не существует декларативной ссылочной целостности и т. Д.
Если у вас есть «gen-spec», поскольку он не является реляционным, вам не нужны реляционные возможности или реляционный движок, с MyISAM все в порядке. На самом деле ваш диск C: в порядке.