Чтобы ответить на мой собственный вопрос, я обнаружил, что Prism v4 предоставил полезное решение - RegionExtension под названием RequestNavigate.
Я использовал RequestNavigate для открытия нового окна (см. StockTrader RI), однако это кажется чрезвычайно громоздким, если следовать правильной методологии MVVM. Вместо этого я решил использовать класс ChildWindow в WPF Extended Toolkit, где вы можете просто привязать свойство WindowState (открытое / закрытое) и указать все остальное в XAML.
Я также использовал RequestNavigate для внедрения представлений в Регионы - сейчас я использую MEF (в то время, когда я использовал Unity). Я нахожу подход более гибким, хотя и немного «волшебным» в отношении отладки.