Я предполагаю, что вы используете Subversion. Это может как-то применяться в других случаях, но терминология может быть неправильной.
Кажется, что часть вашего дерева либо скопировала что-то, что скрыло скрытую папку, помечающую папку как находящуюся под контролем ревизии.
Лучше всего снова проверить дерево в другой папке, например:
svn co file:///Users/mine/Documents/Projects/MyApp/trunk freshTrunk
затем скопируйте изменения из старого каталога и зафиксируйте их.
Убедившись, что изменения были сохранены, удалите старый каталог.
Удачи.