Я почти уверен, что Git не создал этот каталог; что-то еще должно быть, или вы неверно истолковали вывод какой-либо команды. Размещение дополнительной информации может помочь. Как насчет:
rm -rf git Git
ls -li
git clone git://git.kernel.org/pub/scm/git/git.git
ls -li
Просто чтобы уточнить, невозможно жестко связать два каталога в OS X (или в большинстве систем). Редактировать: Да, вы правы, Time Machine действительно создает каталог трудно ссылки. Странные особенности файловой системы OS X являются самыми захватывающими. ^^