Вы пытались запустить JDE в режиме администратора?
В целях безопасности некоторые ОС ограничивают доступ на запись в каталоги в структуре «Program Files».
У меня возникла похожая проблема в ОС Vista. Я изменил разрешение в каталоге, установленном JDE, и он работал отлично.