Вы можете легко сделать это с Lucene.Разделите индексы на несколько частей (или, если быть точным, при создании индексов создайте «меньшие» части.) Создайте поисковик для каждой части и сохраните ссылку на них.Вы можете создать MultiSearcher поверх этих отдельных частей.
Теперь будет только один индекс, который получит новые документы.Регулярно добавляйте документы в этот индекс, фиксируйте и снова открывайте этот поисковик.
После обновления последнего индекса вы можете снова создать новый мульти-поисковик, используя ранее открытые поисковики.
Таким образом, в любой момент вы снова откроете только один поисковик, и это будет довольно быстро.