Если вы хотите, чтобы конкретный <canvas id="canvasID">
был всегда прозрачным, вам просто нужно установить
#canvasID{
opacity:0.5;
}
Вместо этого, если вы хотите, чтобы некоторые конкретные элементы внутри области холста были прозрачными, вы должны установить прозрачностькогда вы рисуете, то есть
context.fillStyle = "rgba(0, 0, 200, 0.5)";