Вы пробовали jQuery.noConflict ()? Я запускаю приложение Rails 3 rc с Prototype и jQuery, используя функцию без конфликтов - бит jQuery работает нормально, хотя в данный момент не слишком уверен насчет Prototype.
Добавить jQuery.noConflict (); в ваш файл application.js, который дает контроль над обратным вызовом $ для Prototype, поэтому вызовы jQuery должны быть помечены как 'jQuery', а не '$', например jQuery.getJSON вместо $ .getJSON. В качестве альтернативы вы можете определить переменную: var $ j = jQuery.noConflict (); - предыдущий пример станет $ j.getJSON. Наконец, вы также можете сохранить код jQuery с помощью $, а jQuery.noConflict () - обернуть его в другую функцию:
(function($) {
//your code in here
})(jQuery);