Нет, нет способа подавить предупреждения ...
Тем не менее, крайним обходным решением было бы иметь один фиктивный файл, который содержит пустые объявления классов для всех «отсутствующих» классов, где докблок каждого класса использует тег @ignore для предотвращения его документального подтверждения ... анализируется, так что больше никаких предупреждений.