Либо используйте ajax для обратной отправки части страницы, за исключением части, которую вы изменили с помощью javasciprt, либо сохраните изменения в поле формы, чтобы их можно было переделать после обратной передачи.
Изменения JavaScript на стороне клиента не видны серверуи исчезнет после постбэка, так как страница отрисовывается заново с начала.