Это может быть полезно кому-то еще, сопоставление уникальных ограничений FNH выполняется следующим образом:
mapping.References<FirstClass>(x => x.FirstClass).UniqueKey("unique123");
mapping.References<SecondClass>(x => x.SecondClass).UniqueKey("unique123");
Далее поясняется, что это только создает ограничение в БД, но что разработчик отвечает за перехват повторных попыток вставки, в противном случае будет выдан SqlException
о том, что было нарушено ограничение UNIQUE KEY.
из группы FNH