Отдельные файлы JS загружаются и выполняются в одной и той же области видимости, поэтому не должно быть никаких функциональных различий, используете ли вы один или несколько файлов JS.
Если вы контролируете оба сценария, вы можете передать ссылку на карту из сценария a в функцию обратного вызова в сценарии b:
из a.js: onMapCreated(myMap); // myMap is a reference to the created map
от b.js: function onMapCreated(map) {
// do something with map
}
Очевидно, что «пространство имен» ваших функций было бы хорошей идеей.