Я сомневаюсь, что jwplayer может читать только файлы FLV или он может читать все файлы
Имея более миллиона активных пользователей, JW Player ™ является самым популярным и гибким интернет-медиаплеером с открытым исходным кодом.Он может поддерживать воспроизведение любого формата, который поддерживает Adobe Flash Player (FLV, MP4, MP3, AAC, JPG, PNG и GIF).
РЕДАКТИРОВАТЬ
Если вам нужно работать с любыми другими форматами, вы можете запустить сервер конверсий, используя ffmpeg
Ссылка