Я бы хорошо посмотрел myBatis . Он обрабатывает всю боль, связанную с JDBC, транзакциями и отображением наборов результатов в объекты Java или хэши.
Он также хорошо работает с SQL и хранимыми процедурами, отделяя их от кода Java и конфигурируя их в файлах конфигурации XML. На практике это работает намного лучше, потому что проще копировать запросы из XML в интерактивный браузер SQL и наоборот.
Для подключения к нескольким наборам данных вам нужно создать SqlSessionFactory для каждого источника данных.