Проблема в том, что вызывающая сторона может сохранить копию аргумента массива, который она передала, и затем может изменить его содержимое. Если объект критичен к безопасности и вызов сделан из ненадежного кода, у вас есть дыра в безопасности.
В этом контексте передача коллекции и ее сохранение без копирования также будет представлять потенциальную угрозу безопасности. (Я не знаю, есть ли правило PMD, чтобы сказать вам это.)
В обоих случаях способ устранения риска (если он реален) состоит в том, чтобы установить для атрибута копию массива аргументов или коллекции. С другой стороны, если вы знаете, что вызывающий код всегда будет доверенным кодом, его копия - пустая трата времени, и лучшим решением было бы сообщить PMD, чтобы он молчал об этом конкретном методе.