Поиск на форумах Joomla, есть несколько тем по обновлению Mootools.
В общем, вы можете довольно легко обновить интерфейс (при условии, что вам не нужны встроенные функции Joomla или компоненты, которые на них полагаются). Бэкэнд более проблематичен, так как он имеет большую сложность около 1.1
Сказав все это, последняя версия Joomla 1.5.20 имеет плагин, позволяющий вам обновиться до 1.2. Вы можете попробовать обновить?