Если ваш проект имеет каталоги .svn (пропала только интеграция с Eclipse), вы можете попробовать Team -> Share Project. В моем рабочем пространстве Subclipse заметил наличие папок SVN и создал соответствующее соединение.
Редактировать: если у вас нет меню «Поделиться проектом», возможно, установка Eclipse «запоролась». Если у вас нет меню «Поделиться проектом» во вновь созданном проекте, и вы не видите предпочтения SVN в разделе «Настройки» -> «Команда», вам следует переустановить плагин Subclipse.
Если у вас нет меню «Поделиться проектом» только для проектов, которыми вы ранее поделились с SVN, то вам следует удалить и заново создать все ваши проекты (при удалении не удаляйте содержимое проекта и после удаления выберите Файл -> Импорт -> Существующие проекты в рабочую область).