Скорее всего, это связано с проблемой с включением и присоединениями.В основном это сводится к следующему: включения применяются только в конце оператора, и из-за объединения тип вашего запроса изменяется с IQueryable<Message>
на IQueryable<Comment>
.
Удаляя объединение, оно должно правильно включать свойства навигации.Попробуйте следующее:
ctx.Comments
.Include("CommentType")
.Include("Owner")
.Include("Message")
.Where(c => c.Message.RID == messageId && c => c.CommentType.Id == commentTypeId)
.ToList();