Это не должно быть проблемой, если выбранная база данных поддерживает тип данных CLOB (Character Large OBject). Если вы выберете базу данных, которая изначально поддерживает XML, это было бы еще лучше; последние версии распространенных продуктов СУБД делают это: Oracle имеет XMLType, DB2 и SQL Server имеют столбец XML и т. д.
Загрузка содержимого файла в столбец базы данных является программной задачей и действительно зависит от того, на каком языке вы пишете свое приложение.
Очевидно, что это расплывчатый ответ, но, боюсь, он соответствует отсутствию конкретики в вашем вопросе.